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Dexter est sauvé de la noyade par un bateau transportant des immigrés clandestin. Il tue le capitaine qui menaçait les passagers, puis regagne la côte et rentre chez lui, ou Deborah le retrouve et lui dit qu'elle l'aime. Dexter ne comprend pas le sens exact de cette phrase et lui répond qu'il l'aime également, ce qui chamboule sa sœur car c'est la première fois qu'il le lui dit.
On apprend que le jour même une éclipse totale de soleil va avoir lieu, et que c'est là pour Travis le jour de la fin du monde. L'appartement où il se cachait, et dont il avait tué les occupant, est découvert par la police. Dexter y entre le premier et voit une grande fresque peinte par le tueur, qui le représente sous les traits de la Bête au milieu du lac de feu. Il a juste le temps d'effacer le visage à coup de marteau avant que ses collègues n'arrivent, pour qu'ils ne le reconnaissent pas.
Travis, voyant sa cache découverte, décide de se rendre chez Dexter qu'il croit mort, et dont il a trouvé l'adresse dans le portefeuille qu'il lui avait pris avant de le laisser dans l'eau. Là il découvre que celui qu'il croit être la Bête à un fils, Harrisson.
Grâce aux dessins de Gellar, la police devine que Travis va commettre le sacrifice d'un innocent au sommet d'une tour pendant l'éclipse. Deborah envoi des hommes sur toutes les tours de la ville, mais concentre le plus de forces sur la plus haute, qui n'est pas la bonne. Dexter, à l'aide d'un autre dessin réalisé par Travis et qu'il avait caché à ses collègues, trouve la bonne. Peu après son fils disparait, et Dexter comprend que que Travis l'a enlevé pour le sacrifier. Il se rend sur la tour et trouve Travis après qu'il ai tué le policier chargé de la surveillance, sur le point de sacrifier son fils. Après un moment de forte tension, il parvient à sauver ce dernier et s'emparer enfin de Travis.
L'éclipse terminée, Deborah pense que Travis lui a définitivement échappé. Perdue entre cette déception professionnelle et ses sentiments troubles pour Dexter, elle va voir sa psy qui lui conseille de mettre les choses au clair avec son frère. Elle se rend alors dans l'église abandonnée, ou elle avait envoyé ce dernier effectuer une ultime analyse des lieux avant de clore l'affaire.
Mais Dexter avait profité de l'occasion pour installer sa scène rituelle sur l'autel, afin de tuer Travis. Après quelques échanges acerbes entre les deux tueurs sur le sujet de la foi et de la religion, Dexter enfonce une grande lame dans le cœur de Travis. A cet instant précis Deborah entre dans l'église et, sidérée, surprend la scène. Dexter la voit et s'écrie "Mon dieu!". Fin de l'épisode et de la saison.